Il piccolo Sosuke vive in cima a una scogliera affacciata su Inland Sea. Una mattina, giocando sulla spiaggia sotto casa, trova Ponyo, una pesciolina rossa. Ponyo viaggia a bordo di una medusa e ha la testa incastrata in un barattolo, così Sosuke la libera, dando il via a una tenera amicizia. Determinata a diventare umana, Ponyo decide di fuggire al padre Fujimoto, stregone dei fondali marini, ma inavvertitamente rovescia l'elisir magico alterando la quiete dei mari e provocando un maremoto. Riusciranno i due bambini a ripristinare l'equibrio? Scritto e diretto da Hayao Miyazaki, il film si ispira al racconto "Iya Iya En" della scrittrice giapponese Rieko Nakagawa, illustrato da Yuriko Yamawaki.